我们如何践行科学诚信与责任
为什么科学诚信至关重要
科学诚信是可信与有影响力研究的基石。通过坚持透明、伦理和可重复的实践,我们确保我们的研究发现能够可靠地服务于科学与社会。
我们的基本原则
- 所有研究都接受同行评审和内部数据审核。
- 所有代码与数据在可行的情况下都会公开。
- 作者署名遵循 ICMJE(国际医学期刊编辑委员会)标准。
- 所有人体/动物实验均遵守国际或本地伦理规范。
- 我们欢迎发表后的评审与修正。
实例研究
2025年
Gingipain调控被Porphyromonas gingivalis感染的巨噬细胞中PD-L1的可变剪接
Scientific Reports. 2025. doi:10.1038/s41598-025-94954-7
研究摘要
本研究揭示了牙周病菌 P. gingivalis 的毒性蛋白酶Gingipain如何通过调控免疫检查点蛋白PD-L1的可变剪接(AS),在巨噬细胞中促进特定PD-L1亚型(PD-L1IgV+)的表达,从而增强其与PD-1结合并抑制免疫反应。研究结合了RNA测序、高级生物信息学和AlphaFold 3结构预测技术,揭示了该病原体逃避免疫监测的机制。
本研究如何践行科学诚信
- 数据与代码公开:
- 原始RNA-seq数据已上传至 NCBI BioProject PRJNA1163056
- 所有数据分析结果可访问:公共数据仓库
- 论文中详细描述了方法、定制脚本和统计方案
- 作者与资助信息透明:
- 明确列出各作者的贡献
- 所有资助来源(日本学术振兴会)均有披露
- 无利益冲突声明
- 可重复性保障:
- 提供了实验设计、感染模型、RNA-seq、蛋白验证和计算分析(含AlphaFold 3)的完整细节
- 采用FDR校正,报告所有原始及标准化数据,使用DESeq2、DEXSeq、IsoformSwitchAnalyzeR等标准软件
- 伦理与协作:
- 所有细胞实验均遵守机构伦理指南
- 明确列出外部合作者(如菌株与分析专家)
- 共享与社区参与:
- 所有原始数据、分析结果和补充资料均在线共享
- 通讯作者接受材料请求与提问
2024年
O-GlcNAc糖基化通过影响线粒体、细胞骨架和内质网形态调控成骨细胞分化
BioFactors. 2024. doi:10.1002/biof.2131
研究摘要
本研究揭示了翻译后修饰O-GlcNAcylation在成骨细胞分化中的核心作用。研究结合生物信息学、CRISPR/Cas9基因编辑、AI辅助影像分析等手段,表明Ogt缺失会导致分化受阻,并绘制出糖基化与线粒体和细胞骨架调控之间的网络。
本研究如何践行科学诚信
- 数据与代码公开: 所有原始数据(免疫荧光图像、延时成像、Western blot等)及图像处理与分析代码全部公开:
- 作者与资助信息透明:
- 明确列出作者分工
- 全部资助信息公开,无利益冲突
- 可重复性保障:
- 提供完整的实验、统计与分析流程
- 伦理与协作:
- 遵循机构伦理规范,技术人员与合作者获得致谢
- 共享与社区参与:
- 所有数据与交互式工具开放共享,欢迎提问交流
逆遗传学追踪人软骨细胞的分化路径
Osteoarthritis and Cartilage. 2024. doi:10.1016/j.joca.2024.06.009
研究摘要
本研究提出“逆遗传学”策略,通过时间分辨单细胞转录组(scRNA-seq)技术,追踪人软骨细胞如何向iPS细胞重编程。结果显示,只有特定SOX9沉默的细胞群体可实现多能性,其他群体则走向不同命运。同时指出了CCN(细胞通信网络)因子的关键作用,并建立了识别主调控基因的模型。
本研究如何践行科学诚信
- 数据与软件公开:
- 所有scRNA-seq数据:GEO: GSE261806
- 交互式Web工具:Shiny Demo
- 全部分析代码:Mendeley DOI: 10.17632/t38rw5fg82.1
- 实验步骤与试剂信息详列于补充材料
- 作者与资助信息透明:
- 作者贡献遵循CRediT分类标准:概念、方法、数据处理、分析、写作、监督、资金等
- 日本科研基金JSPS资助(JP21K19603, JP23K17439),无利益冲突
- 可重复性与严谨性:
- 实验包括多个供体与独立重复组
- 生信流程标准化:CellRanger, Seurat, SCTransform, RNA velocity, STREAM等
- DEG分析采用Wilcoxon秩和检验并进行Bonferroni校正;RT-qPCR验证与引物序列提供
- 伦理与致谢:
- 所有人体细胞实验符合伦理标准
- 技术和机构支持均在文中致谢
- 共享与社区参与:
- 数据、代码与可视化工具完全开放
- 额外资源和实验材料可通过通讯作者请求获取